מיקרואורגניזמים מחוללי מחלות

פתוגנים הם מיקרובים זעירים מחוללי מחלות, לרבות חיידקים, נגיפים, פטריות ומספר טפילים. ליטר אחד של מי ים עשוי להכיל בתוכו מיליארדי חיידקים ו-10 מיליארדי נגיפים.
בעוד שמרבית המיקרואורגניזמים גורמי המחלות אינם מהווים סיכון לבריאות, או סיכון קטן במיוחד, חלקם יכולים להיות מזיקים לבני האדם, למינים ימיים ולמערכות ביולוגיות. מיקרואורגניזמים גורמי מחלות מזיקים חודרים בדרך כלל לים בשל תנאי תברואה גרועים, נגר של פסולת בעלי-חיים ופליטות מתוך כלי שיט. חיידק מסוג enterococcus  משמש מדד לקיום של מיקרואורגניזמים מחוללי מחלות במי ים. 
כיצד בוצעה המדידה?
משרד הבריאות מנטר את מי החופים ובוחן את מספרי החיידקים מסווג  enterococcus . 0-35 חידקים ב-100 מ"ל מי ים  הינה דוגמה נקייה וקיבלה ציון טוב (אפס זיהום), 36-104 חידקים ב-100 מ"ל נחשב בסדר (0.3 זיהום) ו-מעל 104  הדוגמאות מעידות על זיהום (זיהום מרבי=1). ממוצע הציונים של הדוגמאות לפי אזורי המשנה שימש להערכת הזיהום בפתוגנים.